台湾媒体报道，候任总统赖清德多次宣示，将延续现任蔡英文的两岸外交路线，因此国安团队大幅异动的可能性低，并引述消息人士称，国安局长蔡明彦、国安会秘书长顾立雄可能会留任。

据台湾《联合报》星期天（3月10日）报道，民进党内人士分析，过去八年，蔡英文的两岸外交关系稳健、不躁进，尤其是台美关系成果有目共睹。赖清德在总统选举前多次表态，将延续“蔡英文路线”，因此国安团队大幅换血的可能性很低，赖政府执政初期可能沿用蔡政府的国安人事。

党内人士认为，国安会秘书长顾立雄、副秘书长陈文政与徐斯俭，以及国安局长蔡明彦等几位蔡英文国安团队的核心官员留任的机会很大。

此外，因金厦海域翻船事件成为在野党箭靶的海委会主委管碧玲是否留任也受到瞩目。

海巡署星期六（9日）在高雄举办云林舰交船典礼，蔡英文、赖清德首次同台交船，并与管碧玲同框。报道称，这项行程早已安排，但蔡英文致词时特别感谢管碧玲，此举被解读为高层力挺“管主委”意味浓厚。

翻船事件10多轮磋商未果，陆方代表返回中国大陆前指责台湾卸责，但台湾政府的大陆委员会发言人詹志宏星期五（8日）否认磋商破局，并指待司法调查结果公布，可望启动下一轮谈判。