香港前终审法院首席法官李国能认为，中国全国人大常委会法制工作委员会的香港国安法草案《说明》中，提到的行政长官有权指定若干法官审理国安案件，以及中央机构行使管辖权的两点，会损害香港司法独立。

据香港《明报》报道，也是首任终审法院首席法官的李国能在英文声明中说，《说明》表示会跟随香港的法律原则，包括无罪假设，也没有建议法例具有追溯力，但就提出了两个影响香港司法制度的问题。

第一，《说明》列明，行政长官有权指定若干法官审理涉及危害国家安全的案件，这会损害司法独立；第二，《说明》写明在特定情形下，中央机构或对极少数危害国家安全犯罪案件行使管辖权，这也引起极大的关注。

李国能指出，根据《基本法》，行政长官是按独立委员会，即司法人员推荐委员会的推荐而委任法官。挑选法官是建基于他们的司法及专业才能，法官会独立地行使司法权力，不受任何干预。

“司法机构独立于行政机关，应由独立的司法机构决定审理这些案件的法官，不受行政机关的干预......再者，单凭行政长官会欠缺挑选法官时所需知道的法官的经验和专长。”

他并称，作为将在香港成立的“维护国家安全委员会”主席，行政长官并不适宜独自挑选指定法官。他认为，即使不接受上述观点，日后的安排起码应该是，行政长官挑选这些法官时，必须依据首席法官或司法人员推荐委员会的建议，这能确保选人是基于专业和独立的基础。

《说明》提及在特定情形下，驻港国家安全公署和国家有关机关，或对极少数危害国家安全犯罪案件行使管辖权。李国能对此认为，这引起极大的关注（raises serious concern）。

至于中央机构或对极少数危害国家安全犯罪案件行使管辖权，李国能认为，行使管辖权时，有关案件会在大陆处理及审理，案件的被告不能享有香港司法程序的保障。虽然这个管辖权只会在最例外的情况下行使，这仍会破坏香港法院在《基本法》授权行使的独立司法权力。

上周六闭幕的全国人大常委会会议初审了香港国安法草案。草案细节已公布，中央政府将在香港设立维护国家安全公署，国家安全公署依法履行维护国家安全职责，行使相关权力。香港特别行政区则设立维护国家安全委员会，驻港国家安全公署应与香港维护国家安全委员会建立协调机制，监督、指导香港维护国家安全工作。